顺治元年(1644年)
爱新觉罗福临在北京称帝，改元顺治。当时程乡等各县仍在南明政权控制之下，政局动荡。
同年，北京及各省陆续设立铸钱局，所铸“顺治通宝”，每文重一钱，此后，梅州各县开始流通清朝钱币。

顺冶二年(1645年)
平远县进士韩元勋奉南明弘光帝(即福王朱由崧)之命，出使琉球，赐一品服俸。
郑成功镇将江龙、罗宏一领导农军占领大埔县城。乡人刘良机聚众起事，占领三河镇。

顺治三年(1646年)
正月，有反清思想的涂武子、钟胜山、吴胜、赖觉、徐发毛等人聚众镇平三圳圩，曾一度攻占镇平县城，杀官吏林煌、傅明刚、监生何启祥。10月，攻陷程乡，占据县城6天，旨在鼓动抗清。6月，镇平赖其肖率众宣传抗清。该部隶属于南明隆武政权张家玉所部之武兴营。
11月，镇平卜应凤、卜应龙兄弟起事，率众干余人复攻程乡县，失败。
同年，吴六奇率兵攻下三河坝，杀刘良机，后又击败江龙，为南明收复大埔县城。
清朝潮州总兵许有信到镇平，在五里径尽杀剃发迎降之官民。
南明唐王隆武帝之监察御史韩元勋及义士谢志良拥众数万占据平远，号召反清。

顺治四年(1647年)
正月，兴宁民众万余，起事反清，破兴宁北厢诸围寨，集结于灌水塘，绵亘数里，围攻护清县衙，相持数月，至3月18日，清惠州总镇黄应杰统兵来援，城围始解。同年，福建晋江人蔡昆瘾接任兴宁知县，其时抗清烽火未熄，里井萧条，蔡上任后抚恤居民，生息休养，民得稍安。
2月，赖其肖以南明桂王永历帝授兵部主事身份，率众据镇平，力主抗清。清军统帅佟养甲遣副使文贵金领兵至镇平长潭一带，两军开战，清兵战败，文贵金在败阵中被杀。反清势力在梅州绵延不断，历时十多年，至顺治十七年二月才停止下来。
同年，清兵入平远，反清复明义士谢志良等潜伏山寨。

顺治五年(1648年)
春，兴宁大旱，斗米千钱。
同年，程乡大饥荒，代理县事林羽仪捐俸并开仓发粮煮粥，救济灾民。
赖其肖率兵援陈子壮，程乡反清志士联合起兵袭广州，事败返回。
吴六奇再次攻占大埔县城，宣布归顺明朝。

顺治六年(1649年)
正月，长乐雨雹、地震。
同年，郑成功镇将江龙袭击大埔县城并再次占领，后在饶平战死。

顺治七年(1650年)
清将尚可喜克潮州。吴六奇降清。从此，大埔归顺清朝。

顺治八年(1651年)
清兵再次攻入平远县，城内民众被屠杀殆尽。文庙祠宇、居民房舍多被焚毁。
5月3日，兴宁县3000余人举事反清，由北门袭破县城，清委派之知县石楚钦、教谕邓吉士、训导许仲羽、典吏潭肇先均被杀，库藏被破。四日，城南义尚围、彭邦琼、李开阳等率乡勇配合清兵围击。五日早，举事队伍被击溃，首领刘世俊被俘，押送惠州后被害。
同年，惠潮巡抚陆振芬与潮镇总兵班志富，统率大队清兵围攻并占领镇平县城。忠于南明的赖其肖不愿降清，城陷之夜向城西北逃去，不知所往。
清廷委派阮国平为大埔知县。

顺治九年(1652年)
反清义士谢志良之子谢上逵与沐寅亮、赖可夫等攻占平远县城，击毙千总刘仁。平远知县胡日增、防守江龙等弃城逃遁。











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